Tecnología AFA de Covaris: Innovación en el Procesamiento de Muestras FFPE para ADN, ARN y Proteínas
La Tecnología Acústica Enfocada Adaptativa (AFA) de Covaris representa un avance revolucionario en la preparación de muestras para análisis genómicos y proteómicos. Esta tecnología utiliza ultrasonidos de alta frecuencia y precisión para realizar procesos mecánicos como fragmentación de ADN y ARN, extracción de proteínas, y homogeneización de muestras. Diseñada para trabajar en entornos clínicos y de investigación, AFA destaca por su capacidad para procesar muestras desafiantes, como aquellas fijadas en formalina e incluidas en parafina (FFPE), manteniendo la calidad y consistencia en los resultados.
Los beneficios de la tecnología acústica enfocada adaptativa (AFA) de Covaris para la preparación de bibliotecas de ADN y ARN de alta calidad a partir de muestras fijadas con formalina e incluidas en parafina (FFPE) muestran la superioridad de esta tecnología sobre los métodos enzimáticos en la extracción y corte, por lo que produce fragmentos de mayor calidad y tamaños de inserto consistentes, en particular con material de partida muy degradado o limitado. La integración de esta tecnología en flujos de trabajo de alta automatización mejora el rendimiento de trabajo y reduce los errores en la secuenciación. AFA permite realizar análisis de proteómica y epigenéticos integrales en este tipo de muestras lo que supone un avance importante en el estudio de enfermedades tales como los sarcomas.
La fragmentación de tipo mecánica de Covaris, utiliza ultrasonidos para cortar el material genético de forma controlada y reproducible. Esta consistencia permite la obtención de bibliotecas de mayor calidad en comparación con los cortes generados enzimáticamente y más especialmente en muestras tan degradadas como las incluidas en parafina. La tecnología de Covaris AFA mejora la calidad de análisis de muestras FFPE de varias maneras:
La calidad de los fragmentos en la extracción es muy superior según las métricas DV200, una medida de la integridad del ADN y que se refiere al porcentaje de fragmentos de ADN mayores a 200 pares de bases y que es indicativo de la degradación en el ADN, donde muestras procesadas con el sistema AFA de Covaris obtienen un DV200 del 20% o superior.
Esta tecnología facilita la extracción de insertos de ARN de mayor longitud en muestras FFPE, incluidas las que están en repositorios y archivadas, mejorando la utilidad del material extraído y en general no se observa pérdida en la calidad o cantidad de ADN y ARN extraídos.
La tecnología AFA se adapta a diferentes fuentes de ADN y materiales de extracción sin requerir ajustes de protocolo, lo que dota de versatilidad en la gestión de un rango diverso de muestras en clínica.
La facilidad de integración con plataformas automatizadas de manipulación de muestras permite un procesamiento de alto rendimiento sin intervención manual aumentando la eficiencia del flujo de trabajo y reduciendo los errores humanos. Además, los instrumentos tales como el R230 garantizan una trazabilidad de la muestra durante todo el proceso algo esencial en entornos clínicos.
Otras características que destacar es su eficiencia en la extracción de proteínas procedentes de muestras parafinadas. La combinación de la ultra sonicación con otras tecnologías como S-trap, demuestra ser muy eficiente en este contexto, aparte, la sonicación permite la homogeneización directa de las muestras parafinadas en tampón SDS, lo que ahorra equipamientos, pasos y tiempo adicionales en el procesamiento de las proteínas.
La obtención de fragmentos consistentes y de alta calidad eventualmente se reflejan en la confiabilidad de los datos en las diversas aplicaciones de esta tecnología en clínica e investigación.
Todas estas características son deseables en la preparación de bibliotecas para NGS, especialmente para tecnologías de secuenciación de lectura larga y la precisión en el corte sumado a la alta calidad y consistencia de los fragmentos impacta en la tasa de discordancia, crucial en la identificación de variantes, especialmente en muestras tan limitantes como 10 ng de muestras parafinadas.
En conclusión, el alto rendimiento obtenido con muestras degradadas, fragmentación controlable y consistente y las recientes soluciones en escalabilidad y transferencia de muestras hacen de la tecnología AFA de Covaris una solución precisa y confiable en la obtención e interpretación de resultados con muestras parafinadas en entornos clínicos y de investigación.